1993-cu ildə yaradılmış Azərbaycan Respublikası Dövlət Elm və Texnika Komitəsinin strukturunda Patent-lisenziyalaşdırma idarəsi fəaliyyətə başlamışdır. Lakin sonradan Azərbaycanda vahid Dövlət Patent Sisteminin yaradılması məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 1994-cü il 21 yanvar tarixli 021 nömrəli qərarı ilə Bakı Patent Tədqiqatlar Mərkəzi “Milli Patent Ekspertizası Mərkəzi” adlandırılmış və Azərbaycan Elmi-Texniki İnformasiya Elmi-Tədqiqat İnstitutunun tabeliyindən çıxarılaraq Dövlət Elm və Texnika Komitəsinin tabeliyinə verilmişdir. “Milli Patent Ekspertizası Mərkəzi”nin işçilərinin əmək haqqı Nazirlər Kabinetinin yanındakı baş idarələrin, idarələrin və digər idarəetmə orqanlarının rəhbər işçilərinin və mütəxəssislərinin əmək haqqına bərabər götürülmüşdür.
Azərbaycanda patent sisteminin beynəlxalq patent sisteminə inteqrasiyası, bu sahədə əlaqələrin yaradılması və əməkdaşlığın inkişaf etdirilməsi dövlət siyasətinin prioritet istiqamətlərindən biri kimi müəyyən edilmişdir. Ölkəmiz 1995-ci ildə Ümumdünya Əqli Mülkiyyət Təşkilatını Təsis edən Konvensiyaya, “Sənaye Mülkiyyətinin Mühafizəsi haqqında” Paris Konvensiyasına, “Patent kooperasiyası haqqında” 1970-ci il iyunun 19-da Vaşinqton şəhərində imzalanmış Müqaviləyə qoşulmuşdur. Azərbaycan həmçinin Ümumdünya Əqli Mülkiyyət Təşkilatının “Nişanların beynəlxalq qeydiyyatı haqqında” Madrid Sazişinin, Sənaye nümunələrinin beynəlxalq təsnifatının təsisi haqqında Lokarno Sazişinin, Nişanların qeydiyyatı üçün əmtəə və xidmətlərin beynəlxalq təsnifatı barədə Nitsa Sazişinin və Beynəlxalq Patent təsnifatı haqqında Strasburq Sazişinin, habelə “Patent əməkdaşlığı haqqında müqavilə”sinin (PCT), “Patent proseduru məqsədləri üçün mikroorqanizmlərin depozitləşdirilməsinin beynəlxalq tanınması haqqında” Budapeşt müqaviləsinin, “Olimpiya simvollarının qorunması haqqında” Nayrobi Müqaviləsinin, “Sənaye nümunələrinin qeydiyyatı haqqında” Haaqa Sazişinin Cenevrə Aktının və “Nişanların beynəlxalq qeydiyyatı haqqında” Madrid Sazişinin Protokolunun iştirakçısıdır.
Azərbaycan 1994-cü ildə Moskva şəhərində imzalanmış Avroasiya Patent Konvensiyasına da qoşulmuşdur.
Avropa Patent İdarəsi ilə geniş əməkdaşlıq əlaqələri yaradılmış, ikitərəfli əməkdaşlığa dair on ölkə ilə hökumətlərarası saziş və memorandum imzalanmışdır.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2001-i il 27 dekabr tarixli 623 nömrəli Fərmanı ilə Azərbaycan Respublikasının Dövlət Elm və Texnika Komitəsi və Azərbaycan Respublikasının Standartlaşdırma və Metrologiya Mərkəzi ləğv edilmişdir. Ləğv edilən Standartlaşdırma və Metrologiya Mərkəzinin və Dövlət Elm və Texnika Komitəsinin Patent-lisenziyalaşdırma idarəsinin bazasında Azərbaycan Respublikasının Standartlaşdırma, Metrologiya və Patent üzrə Dövlət Agentliyi yaradılmışdır. Həmin Fərmana uyğun olaraq, patent sistemi sahəsində dövlət siyasəti yeni yaradılan Agentlik tərərəfindən davam etdirilmişdir.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2008-ci il 19 noyabr tarixli 53 nömrəli Sərəncamına əsasən Standartlaşdırma, Metrologiya və Patent üzrə Dövlət Agentliyinin bazasında Azərbaycan Respublikasının Standartlaşdırma, Metrologiya və Patent üzrə Dövlət Komitəsi (bundan sonra – Komitə) yaradılmışdır. Patent məsələləri ilə səlahiyyətləri daxilində Komitənin strukturuna daxil olan Patent şöbəsi məşğul olmuşdur.
2012-ci ildə Komitədə aparılan yeni struktur dəyişlikləri ilə əlaqədar onun tabeliyində yaradılmış “Sənaye Mülkiyyəti Obyektlərinin Ekspertizası Mərkəzi” (AzPatent) Məhdud Məsuliyyətli Cəmiyyətinin bazasında “Standartlaşdırma, metrologiya, akkredatsiya və patent hüququ obyektlərinin mühafizəsi sahələrində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı əlavə tədbirlər haqqında” ölkə Prezidentinin 2017-ci il 10 fevral tarixli 1234 nömrəli Fərmanına uyğun olaraq Komitə tərəfindən “Patent və Əmtəə Nişanlari Mərkəzi” publik hüquqi şəxs təsis edilmişdir.
“İstehlak bazarına nəzarət, standartlaşdırma, metrologiya və əqli mülkiyyət hüquqları obyektlərinin mühafizəsi sahəsində idarəetmənin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı tədbirlər haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2018-ci il 20 aprel tarixli 5 nömrəli sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikasının Müəllif Hüquqları Agentliyinin və Komitə yanında fəaliyyət göstərən “Patent və Əmtəə Nişanları Mərkəzinin əsasında Azərbaycan Respublikası Əqli Mülkiyyət Agentliyi yaradılmış və Komitə ləğv edilərək onun sənaye mülkiyyətinin mühafizəsi sahəsində səlahiyyətləri Əqli Mülkiyyət Agentliyinə verilmişdir.
Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2018-ci il 13 oktyabr tarixli 444 nömrəli qərarı ilə Agentliyin tabeliyində Patent və Əmtəə Nişanlarının Ekspertizası Mərkəzi yaradılmış və Nizamnaməsi təsdiq edilmişdir. Mərkəz publik hüquqi şəxsdir, ixtira, faydalı model, sənaye nümunəsi, əmtəə nişanı və coğrafi göstəricilər barədə iddia sənədlərinin ekspertizasını həyata keçirir, patent və şəhadətnamə verilməsi üçün ekspert rəyi hazırlayır, sahə üzrə maarifləndirmə işləri aparır.